BioAI 生命科学日报 2026/1/11
今日摘要
Aurora用"万能编辑器"挑战FDA，想一次性覆盖1600种基因突变，监管规则可能要改写。
上海交大推出AI虚拟细胞VCWorld，药物预测不再是黑箱，推理过程全程可追溯。
基因编辑和AI制药同时迎来范式转变，今天这两条值得细读。⚡ 快速导航
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今日 AI 生命科学资讯
👀 只有一句话
基因编辑初创Aurora要用"伞形策略"一次性治愈1600种突变，FDA监管规则可能要被改写了。
🔑 3 个关键词
#基因编辑 #AI虚拟细胞 #药物预测
🔥 重磅 TOP 10
1. 这家基因编辑初创正在挑战FDA的监管边界
PKU患者一辈子只能吃蔬菜和配方饮料，因为体内缺一种酶。理论上CRISPR能治，但问题来了——导致这病的突变有1600种，没人能开发1600种药。Aurora Therapeutics想了个狠招：做一个"万能编辑器"，只改20个编码就能切换治疗方向。他们拿到1600万美元融资，还请来CRISPR共同发明人杜德纳当顾问。FDA局长已经表态支持修改监管规定。这可能是基因编辑从"一次治一人"到"批量治愈"的转折点。
2. AI虚拟细胞面世，无需等待实验，可预警药物疗效与机制
以前想知道一种新药对细胞有啥影响，得在实验室熬几个月。上海交大郑双佳团队搞了个VCWorld，把AI变成"细胞侦探"——它不瞎猜，而是在知识图谱里查药物机制、翻历史档案找相似案例，然后像写推理报告一样给出结论。测试抗癌药Larotrectinib对MKI67基因的影响，AI的推理和后来的实验结果完全一致。关键是，整个过程可追溯、可解释，不是黑箱。这对AI制药来说是个大突破。
3. 新研究让大模型学会主动追问，人机协作效果大幅提升
你让AI写个报告，它直接给你一坨东西，但可能完全不是你想要的。南加州大学和微软的团队想了个办法：训练AI主动追问。就像面试官会问启发性问题来挖掘你的潜力一样，这个AI会识别信息缺口，主动提问来补全上下文。测试结果显示，微调后的Qwen-2.5-7B比o3-mini提高了18%。这技术未来可能用在AI辅助医学文献综述、病历分析等场景。
4. DeepPurpose：一站式深度学习药物发现工具包
做AI制药的同学应该都知道，药物-靶点相互作用（DTI）预测是个老大难问题。DeepPurpose把DTI、药物属性、蛋白质功能预测等任务打包成一个工具包，1115颗星，算是这个领域的明星项目了。开箱即用，省得自己从头搭模型。
5. SemiBin：用自监督深度学习做宏基因组分箱
宏基因组测序数据量大、噪声多，分箱（把序列归类到不同物种）一直是个技术活。SemiBin用自监督学习来解决这个问题，148颗星，在微生物组研究圈子里口碑不错。
6. ClairS：长读长测序的体细胞变异检测深度学习方法
香港大学团队出品，专门针对长读长测序（如PacBio、Nanopore）的体细胞小变异检测。102颗星，对做肿瘤基因组学的研究者来说是个实用工具。
7. DANCE：单细胞分析的深度学习库和基准平台
单细胞分析领域的"瑞士军刀"，384颗星。集成了多种深度学习方法，还提供基准测试，方便研究者比较不同算法的效果。
8. 撒哈拉以南非洲孕妇铅暴露与子痫前期风险研究
这是一项比较风险评估研究。撒哈拉以南非洲的孕妇血铅水平比欧美高好几倍，研究发现每升高1微克/分升，子痫前期风险增加1.6%。在严重污染地区，这个风险会急剧上升。这提醒我们，环境因素在孕产妇健康中的作用不容忽视。
9. ProteinFlow：蛋白质结构数据处理流水线
做蛋白质深度学习的都知道，数据预处理是个大坑。ProteinFlow提供了一套完整的流水线，269颗星，能帮你把PDB数据处理成模型可用的格式。
10. Janggu：基因组学深度学习基础设施
257颗星，专门为基因组学任务设计的深度学习框架。如果你在做DNA序列分析、表观遗传学预测等任务，这个库能帮你省不少事。
📌 值得关注
[开源] af2complex - 用AlphaFold预测蛋白质-蛋白质直接相互作用，168星
[开源] transformerCPI - 基于Transformer的化合物-蛋白质相互作用预测，151星
[开源] DeepMicrobes - 宏基因组物种分类的深度学习方法，102星
[研究] SARS-CoV-2 PLpro药物候选物亲和力评估 - 用广义系综方法评估新冠病毒蛋白酶抑制剂
[研究] 多重免疫荧光数据的空间感知模式 - 新的空间分析方法
[开源] Open-Health - AI健康助手，3783星，数据本地存储
📊 更多动态
| # | 类型 | 标题 | 链接 |
|---|---|---|---|
| 1 | 开源 | Scaden：基于深度学习的细胞组成分析 | 链接 |
| 2 | 开源 | DeepInteract：蛋白质界面接触预测 | 链接 |
| 3 | 开源 | GENetLib：基因-环境交互分析深度学习库 | 链接 |
| 4 | 开源 | TAPE：组织自适应自编码器 | 链接 |
| 5 | 开源 | ClairS-TO：肿瘤only体细胞变异检测 | 链接 |
| 6 | 研究 | 转录因子HHEX维持糖皮质激素水平 | 链接 |
🔮 AI生命科学趋势预测
基因编辑"伞形审批"政策落地
- 预测时间：2026年Q2
- 预测概率：70%
- 预测依据：今日新闻 Aurora挑战FDA监管边界 + FDA局长已公开表态支持修改监管规定，Aurora等公司正在积极推动
AI虚拟细胞进入制药公司研发流程
- 预测时间：2026年Q1-Q2
- 预测概率：60%
- 预测依据：今日新闻 VCWorld虚拟细胞模型 + 白盒可解释性是制药公司采纳AI工具的关键门槛，VCWorld已突破这一瓶颈
主动追问型AI助手在医疗场景落地
- 预测时间：2026年Q2
- 预测概率：55%
- 预测依据：今日新闻 大模型主动追问研究 + 医疗问诊场景天然需要多轮对话补全信息，这项技术与场景高度契合
❓ 相关问题
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